Dr. Berendsen の Python プログラム アップデート

(1) 旧コードの検証

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<目的>

「データ・誤差解析の基礎」(H.J.C.Berendsen箸, 東京化学同人, 2013年) が刊行されて10年経過しました。 ちなみに原題は A Student's Guide to Data and Error Analysis, (Cambridge, 2011) です。 そこに記載されているプログラムが今でも走るかを調べ、もし走らなければどう変更すればよいか考えてくことを目的とします。

<元の計算システム>

  1. Python 2.6 + numPy + scipy
  2. plotsvg.py (原著者作成)。
  3. physcon.py (原著者作成)。
  4. www.hjcb.nl/python (原著者のホームページ)
<われわれのシステムと検証法>

  • Anaconda というナビゲータをダウンロードし、走らせる。
  • その中の Visual Studio Code を立ち上げてBerendsenのソースコードを打ち込んで走らせる。
  • できれば同等の結果が得られるようなプログラムを新規に作成する。
<図 P.1 旧コードの検証結果>

これは200個の正規乱数の累積図ですが (p.176)、plotsvg.py が認識されませんでした。また、3.のBerendsenのサイトにアクセスしようとしると NET::ERR_CERT_DATE_INVALID が出ました。 plotsvg.py を含むプログラムはすべて書き直す必要があります((2) へ)。

Updating Pyson Code 0.2 (p.177)
<数学定数・物理定数 (p.177)>

テキストの Code 0.2 の説明の所で physcon を読み込むことで物理定数が得られると書いてありますが、physicon 自体が認識されません。 その代わり、numpy と scipy をインポートすれば、数学的定数、物理的定数が得られ、 またCODATA のデータベースも使えます。 改訂版 code 0.2の出力を右に示します。 なお、拡張子の .txt を取ればそのままPythonインタープリターにかけられます。

<結論>

Berendsen氏作成のライブラリーは今となっては利用しがたい。NumPy, SciPy等の標準ライブラリーを使うべきでしょう。

<改訂版コードからのテキスト出力>(最後の行の後半は次の行に移動)

10-30-2022, S. Hayashi